#NEXUS BEGIN TREES; Tree gt1 = (IA2170_4_2,IA2170_4_1,((LPS131_9_1,LPS131_9_2),((LPS135_10_1,LPS135_10_2),(LPS134_1_1,LPS137_1_1,LPS163_2_1,LPS163_2_2,LPS168_9_1,LPS168_9_3,LPS168_9_5,LPS189_5,LPS189_2,(LPS159_1,LPS168_9_4),(LPS166_11_1,LPS167_1_2),(LPS166_11_2,LPS167_1_1),(LPS150_1_1,LPS168_9_2),(LPS150_1_2,LPS150_1_3),(LPS189_3,LPS189_4),(LPS138_1_2,LPS142_2_2,(LPS138_1_1,LPS142_2_1)),(LPS137_1_2,(LPS064_1_1,LPS064_1_2,LPS074_1,LPS119_7_1,LPS119_7_2,LPS181_3_2,LPS182_1_2,LPS189_1,(LPS134_1_2,LPS185),(LPS181_3_1,LPS182_1_1,LPS189_6))))))); Tree gt2 = (IA2170_4_2,((IA2170_4_1_1,IA2170_4_1_2),(LPS189_2,LPS189_3)),(LPS135_10,(LPS131_9,LPS135_10_2),(LPS159_1_1,LPS168_9_4,LPS189_1,LPS189_4,(LPS064_1_1,LPS168_9_3,LPS189_5)),(LPS064_1_2,LPS074_1,LPS182_1_2,LPS119_7_1,LPS119_7_2,LPS119_7_3,((LPS181_3,LPS182_1_1),(LPS167_1_2,LPS150_1_1,LPS168_9_2),(LPS142_2_1,LPS159_1_2,LPS150_1_2,(LPS137_1_1,LPS137_1_2,LPS142_2_2),(LPS138_1,LPS166_11_1,LPS166_11_2,LPS167_1_1,LPS185,LPS134_1_1,LPS163_2,LPS119_7_4,LPS168_9_1)))))); Tree gt3 = (IA2170_4,LPS131_9_1,LPS138_1_4,LPS159_1_2,LPS167_1_2,LPS150_1_3,LPS119_7_1,(LPS189_1,LPS189_2),(LPS167_1_1,LPS181_3_1),((LPS131_9_2,(LPS138_1_1_1,LPS138_1_1_2),((LPS163_2_1,LPS185),(LPS150_1_4,(LPS168_9_1,(LPS168_9_2,LPS168_9_3))))),LPS135_10),((LPS064_1,LPS138_1_3,LPS134_1_2,LPS142_2_2,(LPS159_1_1,LPS168_9_4),LPS182_1_4,(LPS189_4,LPS189_3)),LPS074_1,((LPS137_1_1,((LPS166_11_2,LPS166_11_1),LPS150_1_2)),LPS163_2_3,LPS168_9_5),(((LPS137_1_2,LPS142_2_1),LPS150_1_1),LPS134_1_1),LPS181_3_2,LPS182_1_1,LPS182_1_2,LPS182_1_3,LPS119_7_2)); Tree gt4 = (IA2170_4_8,IA2170_4_3,IA2170_4_5,IA2170_4_6,(IA2170_4_2,IA2170_4_4),(((LPS074_1,LPS064_1,(LPS189_1,LPS189_2,LPS189_3,LPS168_9_3),LPS119_7_1,LPS119_7_2),LPS131_9,((LPS134_1,(LPS137_1,(LPS142_2_4,LPS142_2_6)),LPS159_1),LPS138_1,LPS163_2,(LPS166_11,LPS167_1),(LPS181_3,LPS182_1),LPS185_6,LPS185_5,LPS150_1_1,LPS150_1_2,(LPS168_9_4,LPS168_9_1,LPS168_9_2,LPS168_9_5),LPS168_9_6),LPS135_10),IA2170_4_7)); Tree gt5 = (IA2170_4,(LPS131_9,LPS135_10),((LPS064_01,((LPS074_1,(LPS181_3,LPS182_1)),LPS119_7)),(((((LPS134_1,LPS137_1,(LPS138_1,LPS163_2),LPS159_1),LPS142_2),((LPS166_11,LPS167_1),LPS185),LPS168_9),LPS150_1),LPS189))); END; BEGIN PHYLONET; InferNetwork_MP (gt1-gt5) 2 -x 20 -n 5 -h {LPS168} -di -a < LPS181:LPS181_3_2,LPS181_3_1,LPS181_3,LPS182_1_2,LPS182_1_1,LPS182_1_4,LPS182_1_3,LPS182_1; LPS138:LPS138_1_2,LPS138_1_1,LPS138_1,LPS138_1_4,LPS138_1_1_1,LPS138_1_1_2,LPS138_1_3; LPS163:LPS163_2_1,LPS163_2_2,LPS163_2,LPS163_2_3,LPS185,LPS185_6,LPS185_5; LPS189:LPS189_5,LPS189_2,LPS189_3,LPS189_4,LPS189_1,LPS189_6,LPS189; LPS150:LPS150_1_1,LPS150_1_2,LPS150_1_3,LPS150_1_4,LPS150_1; LPS134:LPS134_1_1,LPS134_1_2,LPS134_1,LPS137_1_1,LPS137_1_2,LPS137_1,LPS142_2_2,LPS142_2_1,LPS142_2_4,LPS142_2_6,LPS142_2,LPS159_1,LPS159_1_1,LPS159_1_2; LPS168:LPS168_9_1,LPS168_9_3,LPS168_9_5,LPS168_9_4,LPS168_9_2,LPS168_9_6,LPS168_9; LPS064:LPS064_1_1,LPS064_1_2,LPS064_1,LPS064_01,LPS074_1; IA2170:IA2170_4_2,IA2170_4_1,IA2170_4_1_1,IA2170_4_1_2,IA2170_4,IA2170_4_8,IA2170_4_3,IA2170_4_5,IA2170_4_6,IA2170_4_4,IA2170_4_7; LPS135:LPS135_10_1,LPS135_10_2,LPS135_10; LPS166:LPS166_11_1,LPS166_11_2,LPS166_11,LPS167_1_2,LPS167_1_1,LPS167_1; LPS119:LPS119_7_1,LPS119_7_2,LPS119_7_3,LPS119_7_4,LPS119_7; LPS131:LPS131_9_1,LPS131_9_2,LPS131_9> ; END;